עם התרחבות השימוש במסחר אלקטרוני ואמצעים אלקטרוניים ממוחשבים, הן בניהול העסק והוצאת החשבוניות והן בהתנהלות המסחרית בין גופים שונים, כולל שימוש נרחב ברשתות פנימיות, חיצוניות וברשת ה אינטרנט, השימוש במסמכים אלקטרוניים הופך לנפוץ יותר וכולל גם חשבוניות אלקטרוניות. "חשבונית אלקטרונית" היא רשומה אלקטרונית לכל דבר, אשר עם חתימתה הדיגיטלית אין אפשרות לשנותה.
ביוני 2003, הוסדרו תקנות מס הכנסה המאפשרות ביצוע הפקת חשבונית אלקטרונית. ניסוחם של כללים מוסדרים להכרה במקוריותם של מסמכים אלקטרונים, אופן שמירתם וחתימתם האלקטרונית, מקדם את השימוש בהן והופך אותן מקובלות בפעילות העסקית יותר ויותר. על מנת לעמוד בהוראות ניהול ספרים על חשבונית אלקטרונית להיות "מסמך ממוחשב", שעל פי הוראות ניהול ספרים צריכים להתקיים בו שלושת הדברים הבאים:
- הוא נוצר, נשלח, נקלט נראה ונשמר באמצעים ממוחשבים
- הוא חתום בחתימה אלקטרונית מאושרת או בחתימה אלקטרונית מאובטחת של הנישום
- צוינו בו בצורה בולטת לעין המילים "מסמך ממוחשב"
אמנם ניתן תמיד להדפיס חשבונית אלקטרונית ולהפכה למסמך פיזי על נייר, אך ככל שגדל מספר העסקים הפועלים על בסיס משרד ללא ניירת (paperless office), פעולה זו הופכת למיותרת. בנוסף המסמך המודפס אינו מהווה חשבונית אלקטרונית.
